אמנם מדאוריתא מותר לעשות עסקים בשבת, אך נחמיה מוחה על כך, מפני שזה מפר את משמעות השבת כיום שבתון. נחמיה גוזר גזרות (כמו איסור מוקצה והעברה מרשות לרשות) שימנעו את המסחר בשבת.
נחמיה מוחה כנגד חילול השבת:
"בַּיָּמִים הָהֵמָּה רָאִיתִי בִיהוּדָה דֹרְכִים גִּתּוֹת בַּשַּׁבָּת וּמְבִיאִים הָעֲרֵמוֹת וְעֹמְסִים עַל הַחֲמֹרִים וְאַף יַיִן עֲנָבִים וּתְאֵנִים וְכָל מַשָּׂא וּמְבִיאִים יְרוּשָׁלִַם בְּיוֹם הַשַּׁבָּת" (טו)
המשנה במסכת שבת (קכג:) מביאה את איסור מוקצה בשבת, וכותבת שבתחילה היתה גזירה שאסור לטלטל בשבת כמעט כל כלי, פרט לכלים הכרחיים.
על איזו תקופה מדברת המשנה? מתי גזרו על מוקצה?
הגמרא (שם) אומרת שגזירה זו נגזרה בימי נחמיה:
"אמר רבי חנינא: בימי נחמיה בן חכליה נשנית משנה זו, דכתיב: "בימים ההמה ראיתי ביהודה דרכים גתות בשבת ומביאים הערימות" (נחמיה י"ג, טו)".
יש הסוברים שאיסור מוקצה התחיל עוד בתקופה קדומה יותר, אבל בוודאי שנחמיה חיזק מאוד איסור זה, מתוך הבנה שאיסור מוקצה יוביל לביטול העסקים בשבת.
חז"ל העמיקו בכך יותר, ואמרו שאיסור מוקצה נעשה בכדי שלא יבוא להוציא מרשות היחיד לרשות הרבים. ואכן, בספר נחמיה ניתן לראות שעיקר המסחר היה בשער העיר, ואם כך, איסור הוצאה מרשות לרשות וסגירת השערים הם שיעצרו את המסחר בשבת:
"וַיְהִי כַּאֲשֶׁר צָלֲלוּ שַׁעֲרֵי יְרוּשָׁלִַם לִפְנֵי הַשַּׁבָּת וָאֹמְרָה וַיִּסָּגְרוּ הַדְּלָתוֹת וָאֹמְרָה אֲשֶׁר לֹא יִפְתָּחוּם עַד אַחַר הַשַּׁבָּת וּמִנְּעָרַי הֶעֱמַדְתִּי עַל הַשְּׁעָרִים לֹא יָבוֹא מַשָּׂא בְּיוֹם הַשַּׁבָּת" (יט)
מסתבר שיסוד זה רחב הרבה יותר. הרמב"ן (ויקרא כ"ג, כד) מבאר, שאמנם אם אדם מטלטל מוקצה או קונה משהו בחנות בצורה עראית, הוא עובר על איסור דרבנן, אבל אם אדם מטלטל כל השבת כלים מפינה לפינה, ועוסק במסחר, הרי שהוא עובר על איסור תורה (למרות שמקפיד לא לעבור על איסור תורה ישיר, כמו כתיבה), כיוון שהשבת אמורה להיות "שבתון" – "יום שביתה ומנוחה – לא יום טורח" (רמב"ן, שם).
נמצא אם כך, שאמנם איסור מוקצה הוא איסור דרבנן, אולם, חז"ל באיסור זה ירדו לעומק משמעות השבת כ"שבתון". חז"ל באיסור זה, עיצבו את השבת בהתאם לרצון התורה. חז"ל באיסור מוקצה, הביאו לתודעתנו, שמשמעות השבת איננה רק באי עשיית מלאכה או בעשיית קידוש – משמעות השבת היא "שבתון", ניתוק מכל עולם החול, גם בדברים שאין בהם מלאכה, ויצירת יום שהשביתה מורגשת בו: "יום שכולו שבת".