האבנים שהוציא יהושע מן הירדן שימשו בהמשך גם לבניית המזבח ולכתיבת התורה.
בדברים כ"ז (א-ח) נאמר שצריך להקים אבנים ולכתוב עליהן את התורה, וכן לבנות מזבח בהר עיבל. אולם, לא נאמר כמה אבנים צריך להעמיד. גם לא נאמר שאותן האבנים הן אבני המזבח. אבל משמע בכל המפרשים, וכן במשנה ובתוספתא, שאבני המזבח הן הן האבנים שעליהן נכתבה התורה.
גם מעיון בפרקנו מסתבר שאלה אותן אבנים: "ויכתב שם על האבנים את משנה תורת משה" (לב), ומסתבר יותר לפרש ש"האבנים" הן אבני המזבח שנזכרו פסוק אחד קודם לכן. ואולי היו אלה האבנים שהוציא יהושע מהירדן, שהרי אלה אבנים ידועות מאד ואין צורך לזהותן.
סבי, ר' יהודה אליצור זצ"ל, אמר לי שלא יתכן שאבני המזבח הן האבנים שעליהן נכתבה התורה, שכן אבני המזבח הן אבנים שלמות שלא הונף עליהן ברזל, ואם כן אינן מסותתות והן מחוספסות, ואי אפשר לכתוב על אבנים כאלה.
אולם, ניתן לחבר את שתי האפשרויות: יהושע השתמש באבנים שהוציא מן הירדן, ובנה מהן מזבח וכתב עליהן את התורה. אבנים מתוך הירדן הן חלקות בטבען, ומצד עצמן וצורתן הן מהוות עדות לכך שישראל עבר את הירדן ביבשה. וכך פרש יהושע את הפסוק המצווה להעמיד את האבנים במעבר הירדן עצמו. אחר כך לקח יהושע את האבנים וקיים בהן את יתר המצוות האמורות בפרשת כי תבוא (דברים כ"ז): הקמת המזבח וכתיבת התורה.
כיצד הוציא יהושע מן הירדן את האבנים שעליהן עמדו הכהנים? הרי הירדן יבש רק כל עוד עומדים בו הכהנים!
יש להניח שבכל פעם כהן אחר הרים רגל, יהושע הוציא את האבן שהרגל של הכהן עמדה עליה, ושם במקומה אבן אחרת, כדי שהכהן יוכל להניח שוב את רגלו. כך עשה שתים עשרה פעמים. בסופן, היו בידיו שתים עשרה אבנים מתוך הירדן. הן אבני המזבח ועליהן נכתבה התורה.